Obsah

• Prehľad softvéru
• Podporované typy súborov
• Primárna prípona súboru
• Ďalšie rozšírenia súborov, ktoré používa Integrated Genome Browser 9

verzia (od 6. 6. 2016)	9
plošiny
licencie	Open Source
kategórie	vedecký

Ďalšie informácie (navštívte webovú stránku vlastníka)

hodnotenie: 2.8 / 5 (6 Hlasov)

Prehľad softvéru

Hlavné rysy

• Podporuje rôzne formáty genómu ako GenBank a FASTA
• Interakcia s údajmi s animáciami priblíženia a posúvania
• Prístup a načítanie genómov zo stránok QuickLoad
• Transformujte dáta do rôznych grafových foriem
• Zdieľajte údaje so spolupracovníkmi prostredníctvom služby Dropbox
• Nainštalujte doplnky pre ďalšie funkcie

Integrovaný prehliadač genómu (IGB) je open source program, ktorý sa používa na prezeranie a skúmanie veľkých súborov genomických dát. Môžete zobraziť rôzne formáty údajov, komunikovať s údajmi, vytvárať grafy, ukladať informácie ako obrázky a zdieľať údaje so spolupracovníkmi.

IGB umožňuje prezerať údaje z anotácií a zarovnaných sekvencií. Program podporuje rôzne formáty ako FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband a GenBank. Môžete si vziať dáta a transformovať ich do rôznych grafových foriem, vrátane grafov nesúladu na zvýraznenie rozdielov údajov a hĺbkových grafov na zobrazenie pokrytia. Môžete tiež komunikovať s vašimi dátami prostredníctvom animácií s priblížením a posúvaním IGB.

IGB umožňuje prístup a načítanie genómov zo stránok QuickLoad, čo sú jednoduché systémy adresárov, sekvencií a iných dátových súborov na účely vizualizácie. IGB poskytuje pokročilé funkcie s podporou pluginov na pridávanie funkcií a automatizácie pracovných postupov pomocou skriptov. IGB tiež poskytuje pokročilé funkcie na zdieľanie vašich údajov, či už je to publikovanie ako vysoko kvalitný obrázok vo formáte JPEG, PNG alebo SVG, alebo ukladanie údajov v službe Dropbox, ktoré vašim spolupracovníkom umožňujú prístup k vášmu projektu.

IGB je primárne využívaný univerzitnými výskumníkmi, biológmi a bioinformatikmi. Poskytuje pokročilé nástroje na otváranie rôznych formátov genómových dát, vizualizáciu dát ako rôznych grafov a zdieľanie údajov s spolupracovníkmi. Program sa, žiaľ, spolieha na granty na ďalší rozvoj, čo znamená, že podpora pre aplikáciu by mohla kedykoľvek skončiť. Integrovaný prehliadač genómu je však stále schopný, prispôsobiteľný program pre používateľov, ktorí chcú preskúmať a analyzovať svoje údaje o genómoch.

Podporované typy súborov

Primárna prípona súboru

.XML - Súbor XML

Ďalšie rozšírenia súborov, ktoré používa Integrated Genome Browser 9

Podporované typy súborov
.POSTEĽ	UCSC BED Anotácia Track File
.DAS	Analýza relácie DeltaMaster
.FA	FASTA Formátovaný súbor sekvencií
.FAS	FASTA sekvenčný súbor
.FASTA	FASTA sekvenčný súbor
.GB	Dátový súbor GenBank
.SGR	SGR genómový dátový súbor
.USEQ	USeq Genome Data File